以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——
柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。
庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。 此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
