2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
在澳洲大堡礁的深海中，小丑鱼爸爸玛林和儿子尼莫简单幸福的生活着，可是爸爸做事常常畏首畏尾，是个胆小鬼，尼莫觉得爸爸很不勇敢，甚至有点看不起自己的爸爸。小尼莫却天不怕地不怕，跟同伴们去水面玩耍的时候，竟然被渔网捞了起来，辗转被卖到一家牙医诊所。玛林对儿子的生死未卜感到十分的担忧，就算平时不能大胆行事，为了儿子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艰难与恐惧，令他十分胆怯。幸好他遇到了好心的多瑞，一路与他作伴。父子俩都遇到了很多热心的帮助，最终都能重逢，玛林也从此成为儿子以及大家心中的英雄。
在一座位于城市中央的大剧院内，每个华灯初上的夜晚，剧院内便会响起《胡桃夹子》的旋律，美丽的芭蕾舞演员随着音乐翩翩起舞，曼妙多姿，倾倒众生。在剧院的最远端，小老鼠杰瑞和塔菲（Chantal Strand 配音）每日里准时观看《胡桃夹子》表演，他们欢呼喝彩，乐在其中。可是没有演出的日子如此难熬，杰瑞他们无比落寞。许是上苍知晓了他的心愿，剧院内所有的玩具突然有了生命，杰瑞和塔菲也进入了充满幻想和优美旋律的梦幻国度。剧院外面，白雪皑皑的街头巷尾，野猫之王和他的手下们正自得其乐。杰瑞和玩具们的美食盛筵引来野猫们贪婪的目光。包括汤姆在内的这群暴徒闯了进来，不仅破坏了晚宴，还抓走玩具芭蕾舞小姐。 杰瑞与塔菲由此展开了一段奇幻大冒险…
